La linea fu prevista dalla Legge Baccarini del 1879 allo scopo di unire la città portuale di Gallipoli alla rete ferroviaria nazionale. La linea fu attivata il 1° novembre 1885 con l’inaugurazione della tratta Nardò-Gallipoli.
Nel 1933 fu ceduta dalla Ferrovie dello Stato alle appena costituite ferrovie del Sud Est. Il binario attraversa strette gole scavate nella roccia e,oltrepassata la stazione prosegue fino al porto, dove in occasioni particolari è possibile fare scalo.
